Das Institut für Informationssysteme ist die zentrale Forschungseinrichtung der Informatik an der Hochschule Hof. Es wird  mit Mitteln des Freistaates Bayern, der Oberfrankenstiftung und der Europäischen Union finanziert. Die Forschungsarbeiten des Instituts konzentrieren sich aktuell auf integrierte Informationssysteme zur Unterstützung betrieblicher Geschäftsprozesse. Für die Integration werden drei Dimensionen untersucht:

• Die vertikale Integration betrachtet die Kopplung von Informationssystemen
  von der strategischen bis hin zur operativen Ebene.

• Die horizontale Integration untersucht die Verbindung von
  Informationssystemen auf der gleichen Ebene innerhalb eines sowie
  zwischen unterschiedlichen Unternehmen.

• Die Datenintegration entwickelt Methoden zur einheitlichen Verwaltung von
  unterschiedlichen Typen von Daten wie unstrukturierte Texten und
  strukturierten relationalen und räumlichen Daten.